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现阶段畜禽疾病多数为混合感染，传统意义上的抗生素抗菌谱一般都是较窄，且仅对细菌有效。而大部分抗菌肽对革兰氏阴阳性菌均有效，有一些还会对真菌、病毒感染、寄生虫、原生动物有抑制或杀灭的作用。实验表明抗菌肽还可以杀死草履虫、变形虫、四膜虫。柞蚕抗菌肽D对阴道毛滴虫有杀伤力的作用。
2、作用快速、安全、没有残留
因为分子结构较小，在机体遭受侵犯时，很短的时间内就能产生，且扩展扩散速度比人体内免疫细胞更快更加灵活。抗菌肽特有的抗菌机理更形成了不耐药的特征，这样就会超越了抗生素局限，是新一代高效率抗菌剂。动物食品安全依赖于生产过程的各个环节，使用无污染、在动物人体内没有残留、无副作用的添加剂是解决问题的一个关键。抗菌肽是生物体成分之一，参与生命历程，是小分子短肽，有着安全无毒副作用的生物学特性。
3、刺激免疫反应
抗菌肽可参与宿主天然免疫的其他反应，比如说刺激单核细胞和嗜中性白细胞的趋化的作用、有助于肥大细胞组织胺得到释放、抑制组织胰蛋白酶以及有助于创伤愈合。
4、与其他抗菌物质的联合作用
最新研究发现，抗菌肽和传统抗生素联用，可以提高药效并拓宽传统抗生素抗菌谱。与溶菌酶也是有协同作用。至今没有见有关抗菌肽与其他药物相拮抗的报道，这样就会显示出抗菌肽比微生物制剂等绿色添加剂更具优势。
5、对环境具有较强的抗性，可以做添加剂
抗菌肽在100℃加热10min条件下依然能保持活力，对pH值具有较强适应性、水溶性好。部分抗菌肽尚具有抵抗胰蛋白酶或胃蛋白酶水解能力，进入到动物消化系统，能够很好地发挥抗菌作用。这弥补了其他添加剂如酶制剂、微生物制剂等易受影响的缺陷，更加有利于在生产中应用。
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